Após três anos separados, Fred, Daphne, Salsicha, Velma e Scooby-Doo se reúnem para investigar uma série de aparições de monstros em Coolsville. O grupo logo descobre que os monstros são na verdade uma fachada para um plano maior de um vilão mascarado que está usando uma máquina criadora de monstros para controlar a cidade.
* Fred Jones: O líder da equipe, é um mestre em armadilhas e planos.
* Daphne Blake: A princesa do grupo, é uma excelente detetive e conhecedora de artes marciais.
* Salsicha Rogers: O valentão do grupo, é um cozinheiro nato e um especialista em disfarces.
* Velma Dinkley: A nerd do grupo, é uma brilhante cientista e especialista em tecnologia.
* Scooby-Doo: O mascote do grupo, é um cão falante e um grande fã de queijo.
* O Fantasma de 10.000 Volts
* O Capitão Cutler
* O Homem-Esqueleto
* O Pé Grande
* O Blob de Algodão Doce
* O Monstro do Lago Ness
* O Monstro de Frankenstein
* O Múmia
Os monstros são desmascarados quando a Mistérios S.A. descobre a máquina criadora de monstros de Jonathan Jacobo. O grupo usa a máquina para desfazer os feitiços que Jacobo lançou nos monstros, revelando que eles são na verdade pessoas inocentes.
Jonathan Jacobo é preso por seus crimes, e os membros da Mistérios S.A. são recebidos como heróis em Coolsville.