Após escaparem do Labirinto, Thomas, Newt e Minho se encontram em uma nova realidade, um mundo desolado e cheio de perigos. Eles são perseguidos pelo CRUEL, que quer capturá-los e usá-los em seus experimentos.
Os três amigos precisam encontrar um grupo de sobreviventes que estão lutando contra o CRUEL. Eles também precisam descobrir mais sobre o mundo em que vivem e o que aconteceu com os outros Gladers.
O filme é uma continuação direta do primeiro filme. No entanto, o filme também se expande o mundo do Maze Runner e apresenta novos personagens e conceitos.
Os personagens principais do filme são:
* Thomas: O protagonista do filme. Ele é um jovem inteligente e determinado que está determinado a encontrar um caminho para fora do mundo em que vive.
* Newt: O melhor amigo de Thomas. Ele é um jovem leal e compassivo que sempre está disposto a ajudar Thomas.
* Minho: O líder dos Gladers. Ele é um jovem corajoso e atlético que está determinado a proteger seus amigos.

Os principais temas do filme são:
* Amizade: A amizade entre Thomas, Newt e Minho é um tema importante do filme. Eles se apoiam uns aos outros durante momentos difíceis e estão sempre lá para ajudar um ao outro.
* Sobrevivência: Os personagens do filme precisam aprender a sobreviver em um mundo hostil. Eles precisam aprender a trabalhar juntos e usar suas habilidades para sobreviver.
* Liberdade: Os personagens do filme estão lutando por sua liberdade. Eles querem escapar do CRUEL e viver suas próprias vidas.
O filme é uma adaptação fiel do livro. No entanto, existem algumas diferenças entre os dois.
No filme, Thomas é mais jovem do que no livro. No livro, Thomas tem 16 anos, enquanto no filme ele tem 17 anos.
No filme, o CRUEL é mais cruel do que no livro. No filme, o CRUEL é uma organização maligna que está disposta a matar para alcançar seus objetivos. No livro, o CRUEL é mais complexo e seus motivos são menos claros.
No final do filme, Thomas, Newt e Minho encontram um grupo de sobreviventes que estão lutando contra o CRUEL. Eles se juntam aos sobreviventes e se tornam parte da resistência.
Os sobreviventes estão tentando encontrar um caminho para a Cidadela, onde o CRUEL está baseado. Eles acreditam que, se conseguirem chegar à Cidadela, poderão derrubar o CRUEL e libertar o mundo.