A segunda fase do vestibular da Uece é realizada em dois dias, sempre nos meses de maio ou junho. No primeiro dia, os candidatos realizam a prova de redação, com duração de quatro horas. No segundo dia, os candidatos realizam provas específicas de acordo com o curso escolhido.
A data da segunda fase do vestibular da Uece é divulgada com antecedência pela Comissão Executiva do Vestibular (CEV). Em 2023, a segunda fase ocorreu nos dias 21 e 22 de maio.
As provas da segunda fase da Uece são realizadas no turno da manhã e da tarde. A prova de redação começa às 8h e termina às 12h. As provas específicas começam às 14h e terminam às 18h.
As provas da segunda fase da Uece são realizadas em locais diferentes, de acordo com a cidade de residência do candidato. A lista de locais de prova é divulgada pela CEV com antecedência.
A prova de redação da segunda fase da Uece é uma produção textual que deve ser realizada em prosa. Os temas são de conhecimento geral e de atualidades.

As provas específicas da segunda fase da Uece são compostas por questões de múltipla escolha e questões discursivas. As questões de múltipla escolha valem três pontos cada, e as questões discursivas valem dez pontos cada.
O conteúdo das provas específicas varia de acordo com o curso escolhido. Em geral, as provas abordam os conteúdos programáticos do ensino médio.
A nota da segunda fase da Uece é obtida somando-se a nota da redação e as notas das provas específicas.
A nota final do vestibular da Uece é obtida somando-se a nota da primeira fase e a nota da segunda fase.
A segunda fase do vestibular da Uece é uma etapa importante do processo seletivo. Os candidatos que desejam ingressar na universidade devem se preparar com antecedência para as provas.